Инкубатордың жұмыс процесі көптеген маңызды міндеттерді қамтиды, олардың мақсаты - жұмыртқаларды инкубациялау процесінің тиімділігін қамтамасыз ету. Төменде негізгі міндеттердің тізімі берілген:

• Инкубациялық жұмыртқаларды көлік құралынан түсіру;
• Жұмыртқа қораптарын аға оператордың немесе инкубация технологиясының әміріне сәйкес топтарға бөлу;
• Жұмыртқа қораптарын сақтау камерасы мен сұрыптау залына көшіру;
• Таза инкубациялық арбаларды және лотоктарды сұрыптау залына көшіру;
• Инкубациялық жұмыртқаларды инкубациялық лотоктарға және арбаларға сұрыптау мен орналастыру;
• Инкубацияға жарамсыз жұмыртқаларды таңдап, оларды категорияларға бөлу;
• Инкубациялық жұмыртқалармен толтырылған арбаларды сақтау камерасына және газдандыру камерасына көшіру;
• Инкубация үшін жарамды және сортталған жұмыртқалардың есебін жүргізу;
• Инкубациялық лотоктар мен арбаларды белгілеу;
• Контрольдік лотоктарды белгілеу және өлшеу, өлшеу деректерін ішкі құжаттарға енгізу;
• Пайдаланған картон қаптамаларды және палеттерді уақытша сақтау орнына көшіру үшін жою;
• Қалдықтарды жою және оларды уақытша сақтау орнына көшіру;
• Жұмыс орны мен жабдықтарды механикалық тазалау, жуу және дезинфекциялау, рұқсат етілген жуғыш және дезинфицирлеуші құралдарды пайдалана отырып.

Бұл міндеттер инкубацияның жоғары сапасын қамтамасыз етеді және технологиялық талаптарға сәйкестікті сақтау бұған инкубатордың жұмысының негізгі аспектісі болып табылады.